Здравствуйте. Секретными являются любые плановые снимки земной поверхности с разрешением выше 1 м. Вне зависимости от способа получения. Вы будете очень удивлены, но для того чтобы использовать зарубежные спутниковые снимки высокого разрешения на территории России необходимо иметь допуск ФСБ, а их приобретение осуществлять через первый отдел организации у которой он есть, и в (или с) которой вы работаете.
Разрешение на аэрофотосъёмку должна получать организация, её производящая. Такой организацией может быть как авиакомпания, так и аэрофотогеодезический отряд. Последний может выполнять аэрофотосъёмку при помощи авиакомпании, с которой у него заключен контракт, но бремя получения разрешения ложится всецело на него.
Обязательным требованием, среди прочих, является присутствие на борту, помимо пилота, сертифицированных штурмана-аэрофотосъёмщика и бортоператора аэрофотосъёмочного оборудования.
Чем грозит неполучение разрешения - обсуждалось тут:
http://gis-lab.info/forum/viewtopic.php?f=1&t=5553
В принципе, если конечный продукт, получаемый по материалам аэрофотосъёмки не обязательно подразумевает получение именно посредством неё в качестве исходных данных, то вы вполне можете не афишировать её факт, оформив полёт как "аэровизуальные наблюдения".