Про охлаждение: берёте двигатель, снимаете с него всё лишнее - систему предварительного подогрева забортной воды, термостат, часть выхлопной системы. Остаётся голый блок похожий на блок ВАЗ-2109 только без помпы и открытый с одной стороны. Дальше пластиной закрываете всю открытую сторону. Устанавливаете всё на родные посадочные места. Таким образом НЕ будет системы предварительного подогрева воды.Там же ставите выхлопные патрубки (штаны) и патрубки для подачи ОЖ. Конечно пластину, патрубки и мелочи надо изготовить самостоятельно. Проливать (охлаждать) блок лучше по диагонали, т.е. по максимально длинному пути проходящего ОЖ. Где возможно подлезть расширяете каналы шарошкой (без фанатизма). В собранный блок подавать ОЖ двумя электро-помпами, например от Газели. Обязательно двумя! Для дублирования. И для улучшения потока ОЖ. Как вариант можно сделать выносную помпу и соединить шкивом с движком. Такая выносная у нас стояла на другом движке, тоже хорошо работала. Термостат в данном случае не стоит, но можно поставить тоже выносной, хоть от ВАЗа.
Карбюраторы по родному на Меркурии стоят на пластине проставленной между блоком. Откручиваете эту пластину и делаете такую же, только с креплениями под карбы повернутыми на 90 градусов. Всё... Меркурий как будто специально сделан что бы его на бок положили.
Резонаторы (их там два), как правильно заметили, надо подбирать по длине, т.к. надо настраивать резонанс, иначе получите снижение мощности на 25%.