Технических проблем не будет, если все ГОСТы и требования АП соблюдете с необходимым перечнем доказательной документации по самолету. А это не только РКД 🙂.
По РКД придется литеру О1 получать.
Обратите особое внимание на МОС по сертификационному базису.
И очень любопытно, раз уж у вас все в современной парадигме в направлении бесплазовой технологии, какая-нибудь система управления проектами, типа TeamCenter не внедряется? Работа с 3D моделями требует высочайшей и жесточайшей культуры с разработкой паспорта на каждую модель и дальнейшим ее сопровождениям по версиям. "Заморозить" конструкцию вам еще не скоро удастся.