При работе мотора - параллельно соединённые батареи может и будут работать...
А вот на стоянке - иметь повышенный разряд ИМХО незачем.
Что делают в таких случаях за бугром ?
Встретил варианты - когда отключают плюсы батарей от сети индивидуальными контакторами.
Вариант - дороже и сложнее индивидуальных отключателей массы. Но в принципе - эффект - тотже. На стоянке батареи не соединены и никуда не подключены.
http://www.macsmachine.com/
( кликнуть раздел ELECTRICAL - слева )
Схема :
http://www.macsmachine.com/images/electrical/full/primary-wiring.gif
Фрагмент схемы и фото АКБ и контакторов :